Der Hochaltar entstand um 1700 und hat eine schöne Antependiumumrahmung. Die Seitenaltäre, die ebenso wie die Kanzel und die Kirchenstühle mit ihren geschnitzten Stuhlwangen um 1725 angefertigt wurden, kamen 1878 aus der Dominikanerkirche in Regensburg nach Schamhaupten.
Aus den Vorgängerbauten der heutigen Barockkirche stammen der romanische Taufstein (12. Jh.) an der Kirchenrückwand, ein aus rotem Ton gebranntes Kruzifix um 1400 am Chorbogen und ein Holzrelief der hl. Anna selbdritt um 1500 auf dem rechten Seitenaltar. An den Kirchenwänden befinden sich zahlreiche Grabsteine und Epitaphien der Familie von Muggenthal: Die Muggenthaler, Besitzer der benachbarten Schlösser Neuenhinzenhausen (1557 bis 1704), Sandersdorf (1425 bis 1646) und Hexenagger (1528 bis 1724) hatten hier seit 1471 ihre Familienbegräbnisstätte. Besonders bemerkenswert sind die Grabsteine des Heimeran Muggenthaler (gest. 1471) an der Kirchenrückwand und des Heinrich von Muggenthal (gest. 1519) an der rechten Langhauswand; beide Steine zeigen die Verstorbenen in voller Rüstung in flachem Relief.