Die Entstehungsgeschichte des Museums begann 1940. Mitten im Zweiten Weltkrieg war der Flugplatzarchitekt Richard Vollmann mit dem Bau des Manchinger Flugplatzes betraut. Bei diesen Arbeiten stieß er auf archäologische Funde und entwickelte deshalb den Plan, ein Museum zu errichten. Da er in Altmannstein wohnte, lag es nahe, dass er für sein Vorhaben die Marktgemeinde als Standort wählte. In den folgenden Jahren trug er historisches Material aus Altmannstein und den umgebenden Gemeinden zusammen.
Bis 1960 waren die Ausstellungsstücke im ehemaligen Benefiziatenhaus eingelagert. Dann erfolgte der Umzug ins Untergeschoss des Rathauses. Nach dessen Umbau entschloss sich der Gemeinderat 1972, das zweite Stockwerk dem Museum zur Verfügung zu stellen. Nachdem im Jahr 2000 die Museumsräume für das Gemeindearchiv gebraucht wurden, fasste der Gemeinderat den Beschluss, das Museum im denkmalgeschützten, ehemaligen Hofer-Haus unterzubringen.
Das dreigeschossige Gebäude in Altmühljura-Bauweise stammt im Kern aus dem 17./18. Jahrhundert. Mit seinem markanten Stufengiebel aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts prägt es entscheidend den Eindruck der Mühlgasse und ist auf Grund seiner Baumasse auch von der Ortsdurchfahrt und dem Marktplatzende her gut sichtbar. Die Marktgemeinde Altmannstein ersteigerte das ehemalige Gasthaus Hofer im Juli 2000. Zu diesem Zeitpunkt stand es leer und musste saniert werden. Damit leistete man zugleich einen wesentlichen Beitrag zur Revitalisierung des Ortskernes. Im Erdgeschoss entstanden eine Wohnung, ein Raum für Verwaltungszwecke und ein Veranstaltungsraum.
Im ersten Obergeschoss wurde die Gemeindebücherei untergebracht, darüber entstand das neu konzipierte Marktmuseum. Überreste einer historischen hölzernen Kegelbahn wurden im Museumsgarten, durch den die Schambach fließt, erhalten. Neben der Schambach entstand ein Wassertretbecken mit einem Rastplatz für Radfahrer, denn der Radwanderweg (Schambachtal-Altmühltal) ist nur 20 Meter entfernt. In der noch gut erhaltenen Scheune werden historische landwirtschaftliche und handwerkliche Geräte untergebracht. Der schöne Garten bietet die Möglichkeit diese vorzuführen und auch Museumsfeste zu veranstalten.
Das Museum besteht aus vier einzelnen Räumen. Der Rundgang im Hauptraum ist chronologisch angelegt und beginnt mit der Geologie von Altmannstein und Umgebung. Fossile Funde aus der Jurazeit sind zu bestaunen. Eine Besondertheit ist der Juravenator (= Jurajäger), der 1999 in den Plattenkalken bei Schamhaupten gefunden wurde. Der bisher unbekannte Raubdinosaurier lebte vor 150 Millionen Jahren auf einer Insel im Jurameer Tethys, das damals weite Teile Bayerns bedeckte. Das Tier gehörte zur Gruppe der Coelurosaurier, den Fleisch fressenden kleinen Sauriern, die auf zwei Beinen gingen.
In der anschließenden Vor- und Frühgeschichte werden Objekte aus der Hallstattzeit bis zum frühen Mittelalter gezeigt. Der Schwerpunkt liegt hier beim Welterbe Limes. Durch die enge Zusammenarbeit mit der Landesstelle für die nichtstaatliche Museen war es möglich, die Wandabwicklung im neuen Limes-Unesco-Welterbe-Logo darzustellen. Die Reihengräberzeit der Bajuwaren wird mit einem Kurzschwert (Sax), einer Gürtelschnalle und einem Langschwert (Spatha) verdeutlicht.
Im Weiteren kann der Besucher die Geschichte des Marktes mit seinen 13 Ortsteilen (u. a. Schloss Sandersdorf, Schloss Hexenagger) kennen lernen. Hierbei werden mittelalterliche Keramikfunde aus dem Pfleggerichtshaus, Münzfunde und ein original Weningbuch aus dem Schloss Hexenagger gezeigt.
Die Vitrine mit den Steinzeugflaschen der Sandersdorfer Steinzeugproduktion (1784 bis 1901) leitet in die Abteilung Handwerk und Handel über. Zu dem Kundenkreis der Steinzeug- und Tonwarenfabrik Goerz gehörten z. B. der Magistrat von Innsbruck und München.
Der nächste Themenbereich beschäftigt sich mit dem Hopfenanbaugebiet Jura. Schon im Jahre 1896 wurde Altmannstein das Hopfensiegelrecht verliehen. Zur Veranschaulichung sind ein originales Hopfensiegel, Schablonen, Hopfenwaagscheine und Geräte wie z. B. eine Buckelspritze und Hopfenhaue ausgestellt.
Neben einer Zusammenfassung alter Handwerksberufe in Altmannstein wird als Besonderheit der „Sumpfkalk aus dem Schambachtal“ erläutert. Man verwendet den bei Restauratoren beliebten Kalk, der im Kalk- und Ziegelwerk Altmannstein seit 1948 hergestellt wird, bei Restaurierungen (z. B. Frauenkirche Dresden, Museumsinsel Berlin, Wallfahrtort Lourdes). In der Mitte des Raumes präsentiert sich der Naturraum Altmannsteins (die Bavariabuche, die Wachholderheiden und das Schambachtal), ergänzt durch ein Geländemodell vom Versorgungsgebiet des Wasserzweckverbandes Altmannstein aus dem Jahre 1936.
Der zweite Raum ist dem Leben und Werk des Komponisten Simon Mayr gewidmet, das durch CD- und DVD-Aufnahmen veranschaulicht wird. Simon Mayr, 1763 in Mendorf, Markt Altmannstein, geboren, zählt zu den bedeutenden Musikern im 19. Jahrhundert. Er war ein großartiger Komponist, ein viel beschäftigter Kapellmeister und ein erfahrenen Pädagoge. Mayr gilt als der „Vater der italienischen Oper“ und lebte bis zu seinem Tod 1845 in Bergamo. Simon Mayrs Schaffen umfasst im Überblick etwa 60 Opern, rund 600 Kirchenmusikwerke und viel Kammermusik.
In der Vitrine im Flur sind Porzellanfiguren, originale Zeichnungen und Kinderbücher von Lore Hummel zusammengestellt. Die bekannte Designerin und Kinderbuchautorin lebte von 1944 bis 1997 in Altmannstein. Neben dem Entwerfen von Porzellanfiguren, den so genannten Lore-Figuren, gestaltete und schrieb sie über 90 Kinderbücher. Ihr Sohn ist der Komponist und Pianist Franz Hummel, dessen Musical „Ludwig II. - Sehnsucht nach dem Paradies“ großen Bekanntheitsgrad erreichte.
Zum Thema Volksfrömmigkeit im dritten Raum findet man neben dem Altar von Georg Günther (1704 bis 1783) weitere sehenswerte Exponate. Der Vater des Rokokobildhauers, Ignaz Günther (1725 bis 1775), war nicht nur als Schreiner, sondern überwiegend als Bildhauer und Fassmaler tätig. Dem berühmten Sohn Altmannsteins, Ignaz Günther, wurde schon 1997 ein Museum errichtet, das man drei Häuser weiter besichtigen kann.
Der vierte Raum ist für Sonderausstellungen und Vorträge vorgesehen. Die im Depot verbliebenen Bestände und Neuzugänge sollen im Lauf der Zeit durch Sonderausstellungen zugänglich gemacht werden. Eine zusätzliche Attraktion stellt eine moderne Medienstation dar, in der per Touchscreen Filme zu unterschiedlichen Themen gezeigt werden.
